В книгах патр. каз. приказа сохранилась запись расходов по устройству этой церкви; в них читаем: «151 года июня в 10 день по государеву патриаршу указу и по отписке Юрьева-Польскаго Архангельскаго монастыря архимандрита Деонисья того ж Юрьевскаго уезда патриар. дворцоваго села Ильинскаго от дела новыя церкви св. Иоанна Богослова да св. пр. Ильи плотником, которые присланы из патриарша же села Стараго, задатку дано 10 рублев, взял денги того ж Архангельскаго монастыря служка Федор Нарышкин.
151 г. июня 10 иконнаго ряду торговому человеку Прокофью Яковлеву за деисусныс образы, да на тех же цках написаны и праздники за 11 икон променены 11 рублев дано, взяты деисусные образы в патриаршее дворцовое село Ильинское в церковь.
151 г. июля 10 по государеву патр. указу иконописцу Леонтью ОстафЬеву за новые образы за пророки и за праотцы 8 рублев, за образ Пресв. Богородицы запрестольныя Владимирския 26 алт. 4 деньги, да от починки от деисусов и от царских дверей, что были у Ризположенья (в Патриаршем Доме) рубль 7 алтын деньги взял иконник Леонтий, посланы образы в село Ильинское». С этого времени церковь по главному престолу стала именоваться Богословской. В новопостроенную Богословскую церковь патриарх Иосиф пожертвовал «и образы и книги и ризы и колокола и всякое церковное строение». Причт при церкви составляли: «поп Савелий Семенов, дьячок Обрамко Васильев и пономарь Степько Пименов»; на содержание причту дано было земли: «30 чети в поле, а в дву по тому ж, с на 40 копен». Под 177 (1669) годом в упомянутых окладных патриарших книгах записано: «177 г. … в селе Ильинском церковь св. апостола и евангелиста Иоанна Богослова и св. пророка Илии во дв. поп Савва с детьми с Сенкою, Олешкою, Савкою, тяглых крестьянских 48 дворов бобыльских 4 двора».
Памятником деревянной Богословской церкви XVII столетия служило в евангелие, печатанное в 1677 году, с подписью внизу по листам: «в честь и хвалу Богознаменитаго храма Его и угодников Его Святаго Славнаго Апостола и Евангелиста Иоанна Богослова и Святаго пророка огнеколесничника Илии, в Патриаршу домовую вотчину в село Ильинское тщанием о родительской памяти и своем спасении Чудова монастыря многогрешнаго старца Макария в вечный поминок, а кто сию книгу от святыя Божия церкви отлучит продаст или заложит и наше обещание ни во что вменит и его со мною за сие судит Бог на втором своем страшном пришествии хотяща воздати комуждо по делом его».
После упразднения патриаршества село поступило в ведомство Синодального приказа.
Деревянная церковь в селе существовала до конца ХVIII столетия. В 1792 году, вместо ветхой деревянной церкви, прихожане на свои средства построили каменную церковь с престолами в честь тех же святых; при ней — каменная колокольня и ограда.
Со времени построения в ней сделаны следующие изменения: в 1868 года в холодном Богословском приделе поставлен новый резной вызолоченный иконостас, а стены расписаны священными картинами; в 1873 году в теплом Ильинском приделе поставлен новый иконостас, а вызолочен в 1876 году.
Село Ильинское было причислено к Градскому (к г. Юрьев-Польскому) Благочинию.
В церкви хранились документы: копии с метрических книг с 1819 года, а исповедных росписей с 1829 года. Опись церковного имущества составлена в 1851 году. [1]
При церкви значилось земли: пахотной 47 дес. 1933 кв. саж., сенокосной 2 дес. 1373 вв. саж., а усадебной — неизвестно. [1]
Причт: священник и псаломщик. На содержание причт получал: 18 руб. 40 коп. процентов с церковного капитала, 30 руб. от сенокосной земли, 170 руб. от пахотной и за требоисправления 241 руб., а всего до 460 руб. в год. Причт жил в нанятых ими квартирах. [1]
Приход состоял из одного села, в котором числилось 100 дворов, душ мужского пола 310, а женского пола 362 души. [1]
Ильинское училище, Ильинской волости, в селе Ильинском основано в 1841 году. Ближайшие училища: Юрьевские в 2 вер. и Новосельское – 8 вер.
В 1884 году «Помещение наемное, деревянное, отдельное; по свету и теплоте не совсем удобное; квартир учителю нет; классных комнат одна – длиной 10, шириной 10, вышиной 4 арш. Учебных пособий достаточно – на 100 руб. Библиотеки и земли нет. Законоучитель священник Николай Ильинский, окончивший курс во Владимирской духовной семинарии, преподает с 20-го апреля 1881 г.; учитель Павел Миловидов, окончивший курс в той же семинарии, преподает с 4-го ноября 1882 года. Попечитель крестьянин Петр Осипович Миронов; пожертвований не делал. Учащихся к 1-му января 1883 г. 44 м. и 5 д. Выбыло до окончания курса: по решению начальства 1 м., по желанию родителей 5 м. и 1 д. Окончило курс со свидетельствами 7 м. и 1 д. Вновь поступило 9 м. и 5 д. К 1-му января 1884 г. состояло 40 м. и 8 д. Учатся все вместе. Возраст: 7 — 8 л. - 7, 8 — 9 л. - 9, 9-10 л. - 5, 10 — 11 л. – 10, 11-12 л. - 8, 12 — 13 л. - 9. Из учащихся: 28 из с. Ильинского, 10 — д. Козлова в 1 в., 2 — с. Колпского — 3 вер. и 8 — с. Андреевского — 8 вер. Ночлежного приюта нет. Живут на квартирах 10 уч., с платой по 50 — 75 к. в месяц. Вероисповедания православного и все крестьянского сословия. Средства: от министер. народн. просвещ. 25 руб., от земства 330 р., от волости 96 р.; платы за учение нет. Расходы: наем дома, отопление, освещение, прислуга в ремонт 96 р.; жалованье — законоучителю 50 р., учителю 280 р., ему же наградных 25 р. Посещали классы исправно. Прием в сентябре. За теснотой помещения отказано 11. Учебный год с 15-го сентября по 29-е апреля. Пению не обучаются. Учатся в день 6 ½ час. и даются уроки на дома. Отделений 3. Уроков в неделю: по Закону Божию - 4, по Русскому языку - 13, по Славянскому языку - 2, по арифметике - 5. Получивших награды не было. Получившие свидетельства учились 3 — 4 г. Не окончившие курса учились до 3 лет. Обозревал училище 1 раз инспектор народных училищ. Обучения ремеслам и рукоделию нет. Воскресных бесед и чтений нет» (Владимирский Земский сборник 1884. № 12. Декабрь.).
С 1884 по 1924 г. учительствовала в с. Ильинском Сутоцкая Екатерина Ивановна (1867-1937 гг.). Талантливый педагог с первых дней Великого Октября восприняла принципы советской трудовой школы. Руководила ликбезом и драмколлективом. Умерла Сутоцкая в трудные для советской деревни 1930-е гг. То было время и больших потрясений, и неменьших разочарований. На селе образовывались колхозы, появлялись люди, которых стали именовать «кулаками».
12-го октября 1903 года в селе происходило скромное торжество: после литургии отслужен был благодарный молебен в присутствии прихожан по случаю окончания работ по сооружению ограды; потом ограда окроплена св. водой. Отсутствующим строителям от благодарных прихожан была послана икона. Ограда стоила около 5 тысяч рублей и построена благодаря крупному материальному содействию, оказанному братьями Гогиными и их племянником. Одному из братьев Гогиных — Егору Леонтьевичу, лично руководившему работами, кроме трат, пришлось вынести не мало утомительных хлопот при частых поездках из гор. Ярославля для наблюдения, для доставки материала. Братья Гогины и раньше неоднократно заявляли о своем усердии к храму села Ильинского крупными пожертвованиями. (В. Е. В. № 3-й. 1903 г.).
В советское время храм был закрыт и разграблен. Сломана ограда.
На стенах храма сохранились остатки фресок, с которых смотрят евангелисты, записывающие сведения о земной жизни Христа, Иоанн Креститель, который крестит в водах Иордана будущего мессию, 12 апостолов на Тайной Вечере, Богоматерь, святые... Здесь же и другие сцены из Священного писания.